自宋至元，天禧寺一直是享有崇高地位的江南大剎，香火鼎盛。元世祖忽必烈、元文宗圖帖木爾都對天禧寺青睞有加。元文宗時，由國庫出錢5000緡，并從皇帝私庫中捐出三碗黃金，對圣感塔進行維修。

　　明太祖朱元璋定鼎南京后，對天禧寺進行大修，寺、塔皆煥然一新。可惜的是，永樂六年(公元1408年)一場大火將該寺化為灰燼。四年之后，明成祖朱棣下令在天禧寺原址重建寺院，并改名為大報恩寺。在興建大報恩寺時，朱棣要求“準宮闕規制”，即按照皇宮的標準進行建設。大報恩寺建成后，成為明代的皇家寺院，占地面積達400余畝，大大超越了前代。寺內殿宇眾多，其中最引人注目的就是高達78米的九級琉璃寶塔。該塔是中國當時最高的建筑，而且遍體以五彩琉璃為裝飾，有“天下第一塔”的美譽。西方人見到這座塔后，也將它譽為“堪與世界七大奇跡媲美的建筑奇觀”。大報恩寺與琉璃塔一直保存至清朝末年，1856年毀于太平天國戰火。

　　從東吳至清末的一千五百余年間，南京長干里佛祀馨香始終不散，梵唄之聲從來不絕，是中國南方當之無愧的佛教圣地。三份舍利齊聚一地更創造了佛教史的一段千古佳話。