直到2007年5月份，潘谷西設計的一號方案才最終被采納。在方案中，最讓人關注的就是復建大報恩寺琉璃塔，據史料記載，明清時代，一些歐洲商人、游客和傳教士來到南京后，都驚嘆于大報恩寺琉璃塔的華美和高聳的氣勢，將其稱為“南京瓷塔”，認為可與羅馬大劇場、亞歷山大古城、比薩斜塔等相媲美，贊為中世紀世界七大奇觀之一。但1856年，在南京城南矗立了400多年的大報恩寺琉璃塔毀于戰火。關于琉璃寶塔的高度原有兩種說法，一種是78米，一種是85米，專家們比較認可的是78米。2008年4月，復建的塔身高度最后敲定，潘谷西表示，將比原塔“長高”30米，達到108米。

　　然而2008年7月份，在對大報恩寺地宮的考古發掘中，出人意料地發現了比大報恩寺早400年的長干寺地宮，還發掘了光彩奪目的七寶阿育王塔。意外的收獲，讓考古人員興奮無比，卻讓大報恩寺遺址的規劃陷入尷尬之中，要復建的是明代的大報恩寺，卻在遺址上挖出了宋代的長干寺地宮，大報恩寺的復建計劃也不得不再次推后，也因此引發了一些爭議。

長干寺出土

遺址公園規劃要不要改？

　　在原先的規劃中，大報恩寺遺址這一片區的主題以復建大報恩寺琉璃塔為亮點，建設一個遺址公園，但長干寺地宮文物的出土顯然影響原先的規劃初衷，而原來要找的大報恩寺地宮也遲遲沒有下落，成了一個謎。在這樣的情況下，是堅持原來的主題，還是重新規劃，也成了有爭議的問題。