環球時報駐臺北特約撰稿人韋博報道 馬英九19日在臺北會見日本媒體記者時表示，臺灣與日本“因為政治因素，沒有辦法建立正式‘外交關系’，雙方應該算是特殊的伙伴關系”，并希望通過簽訂投資保護協定及度假打工協定等促進雙方的交流，進一步發展與日本的關系。

　　日本共同社19日稱，就臺灣主張擁有“主權”的釣魚島問題，馬英九表示日臺雙方應“從同時擱置‘主權’開始，然后在漁權的協議上達成共識”，呼吁盡快重啟談判。他曾將改善兩岸關系一事列為最優先課題，他表示，“過去我們和日本的關系是如此密切，但是如果和大陸關系不好，使得臺灣海峽變得不穩定，這對日本是不利的”。

　　馬英九還稱，《日美安保條約》是“東亞和平的重要支柱”，強調將繼續推動日臺在安全保障問題上的合作。

　　就未來的兩岸關系，馬英九表示，“‘總統’最多只能做8年，希望在這8年里把整個兩岸關系的結構改善，讓雙方可以追求和平及繁榮。有關統一問題，現在的條件非常不成熟，絕大多數的臺灣人都支持維持現狀”。

　　馬英九此前在接受墨西哥《太陽報》專訪時曾表示，“臺灣與大陸的關系非國與國的關系，是特殊關系”，臺灣的“獨派”人士批評稱，“認為臺灣不是‘國家’，這是自我矮化”。當日，馬英九反駁說，“說這個話完全沒有自我矮化的意思，我的意思并非臺灣不是‘國家’，在‘中華民國憲法’下，我們當然是‘主權國家’。”