起訴馬英九特別費案的檢察官侯寬仁，也曾起訴過周人蔘電玩弊案、太極門等名噪一時的重大案件。然而偵辦之時總是轟轟烈烈，歷經多年纏訟后，不少被告最后以無罪收場。他的辦案風格，在法界引起的爭議不小。

　　聯合報報道，侯寬仁是臺灣司法官廿六期，擔任檢察官已近十八年。他最為人知的是偵辦周人蔘電玩案與太極門案，兩案在偵辦期間，幾乎每天都受到高度關注。但起訴后的發展，不管是法官開庭時勘驗偵訊錄音帶，還是后來的判決結果，都讓他的辦案手法引起不少爭議。

　　報道說，平心而論，侯寬仁偵辦周人蔘電玩案，對積弊已久的電玩業者與警察、檢察官間勾結弊端，有澄清吏治之效。

　　不過調查人員辦案時取供方式，在法院引起不少批評，后來許多證據遭到排除。不少曾是警界之星的高階警官，雖因此案下臺，纏訟多年后卻獲判無罪，心中難免不平。

　　日前獲判無罪定讞的太極門案，當初同樣爭議不小。尤其侯寬仁在起訴書中提出“養小鬼”、“隔空打�！�，在法庭上都無法證明，還一度遭到“監察院”發函“法務部”要求從嚴究辦。

　　報道說，起訴馬英九特別費案時，侯寬仁還特別提到內心很掙扎，但是法律人只能依法論法。

　　或許，法律人更應該作到持平之心，在沒有足夠證據之前，不預設立場、不誘導、不誤陷人入罪，檢察官負有摘奸發伏之責，但如果起訴的重大案件，經常以無罪收場，同樣值得檢討。