1989年，陳水扁親自披掛上陣，參選“立委”，年底陳以高票當選最后一屆“增額立法委員”。

    1990年4月26日，對于兩岸中介機構是否違反“三不”原則，應邀回到母校臺灣大學的民進黨籍“立委”陳水扁及“行政院”研考會“主委”馬英九展開激烈辯論。這是陳水扁和馬英九在政壇上的第一次交鋒。